从感染艾滋病病毒到发病有一个完整的自然过程，临床上将这个过程分为四期：急性感染期、潜伏期、艾滋病前期、典型艾滋病期。不是每个感染者都会完整的出现四期表现，但每个疾病阶段的患者在临床上都可以见到。四个时期不同的临床表现是一个渐进的和连贯的病程发展过程。
1、急性感染期
窗口期也在这段时间。HIV侵入人体后对身体刺激的反应。患者发烧、疹子、淋巴结肿大、无力、出汗、恶心、呕吐、腹泻、咽炎等。有的还会出现急性无菌性脑膜炎，表现为头痛、神经症状和脑膜刺激症。末梢血检，白细胞总数正常，或淋巴细胞减少，单核细胞增多。急性感染期间，症状轻微，容易被忽视。这种发热等全身不适症状出现后5周左右，血清HIV抗体呈阳性反应。之后，临床上出现了长短不同、比较健康、无症状的潜伏期。
2、潜伏期
感染者可以没有临床症状，但潜伏期不是静止期，更不是安全期，病毒继续繁殖，具有很强的破坏作用。
3、艾滋病前期
潜伏期后开始出现与艾滋病有关的症状和体征，直至发展成典型的艾滋病的一段时间。这个时期，有很多命名，包括“艾滋病相关综合症”、“淋巴结病相关综合症”、“持续性泛发性淋巴结病”、“艾滋病前综合症”等。这时，病人已具备了艾滋病的最基本特点，即细胞免疫缺陷，只是症状较轻而已。主要临床表现为
(1)、淋巴结肿大
前期最主要的临床表现之一。主要是浅表淋巴结肿大。发生的部位多见于头颈、腋窝、腹股沟、颈后、耳前、耳后、淋巴结、颌下淋巴结等。一般来说，至少有两个以上的部分，其中一个多达十个。肿大淋巴结对一般治疗没有反应，经常持续肿大超过半年。约30%的患者临床上只有浅表淋巴结肿大，没有其他全身症状。
(2)、全身症状
患者常有病毒性疾病全身不适、肌肉疼痛等症状。约50%的疾病疲劳无力，周期性低热，经常持续几个月。夜间盗汗，一月内超过五次。约1/3的患者体重减轻10%以上，这种体重减轻不能简单地用发热说明，即使补充足够的热量也无法控制这种体重减轻。有些患者头痛、抑郁或焦虑，有些患者感到神经末梢病变，可能与病毒侵犯神经系统有关，有些患者可能患有反应性精神障碍。3/4的患者可脏肿胀。
(3)、各种感染
本期除上述浅表淋巴结肿大和全身症状外，患者经常出现各种特殊性或复发性的非致命感染。反复感染会加速病情的发展，使病情进入典型的艾滋病期。大约有一半患者患有严重的足癣，通常是单侧的，对局部治疗没有有有效的反应，患者腋窝和腹股沟部经常发生葡萄球菌感染疱性脓肿，患者肛周、生殖器、负重部和口腔粘膜经常发生尖锐湿疣和寻常疣病毒感染。
其他常见感染有非链球菌性咽炎、急性和慢性鼻窦炎和肠道寄生虫感染。许多患者排便次数增多，变薄，有粘液。可能与直肠炎及多种病原微生物对肠道的侵袭有关。除此之外，口腔能够出現毛状白斑，毛状白斑的存有是早期确诊艾滋病的关键线索。
4、典型的艾滋病期
有学者称之为致死性艾滋病，是艾滋病感染的最终阶段。本期具有
严重细胞免疫缺陷三个基本特征。
发生各种致命机会性感染。
发生各种恶性肿瘤。
艾滋病终期，免疫功能全面崩溃，患者出现各种严重的综合疾病，直到死亡。
确诊艾滋病不仅仅是临床表现，最重要的依据是检查者的血液检查是否是阳性结果，因此怀疑自己感染了HIV后，必须立即去当地的卫生检查部门检查，决不能自己诊断。