男人龟头根部有小疙瘩，通常是由珍珠状阴茎丘疹、包皮龟头炎、尖锐湿疣、皮脂腺异位或生殖器疱疹等原因引起的。建议您及时就医，由医生明确诊断后对症处理。
1、珍珠状阴茎丘疹
珍珠状阴茎丘疹是一种常见的生理性变异，通常与包皮过长、局部卫生状况不佳等因素有关，主要表现为龟头冠状沟处出现珍珠状、半透明的小丘疹，排列整齐，无自觉症状。这种情况通常无须特殊治疗，注意保持局部清洁干燥即可。若因美观需求，可遵医嘱考虑激光治疗或冷冻治疗。
2、包皮龟头炎
包皮龟头炎可能与细菌、真菌感染或局部刺激等因素有关，通常表现为龟头及包皮内板红肿、瘙痒，并伴有小疙瘩或白色分泌物。治疗上需注意保持局部清洁，可遵医嘱使用克霉唑乳膏、莫匹罗星软膏或红霉素软膏等药物。建议包皮过长者在炎症控制后考虑行包皮环切术。
3、尖锐湿疣
尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的性传播疾病，通常表现为龟头、冠状沟或系带处出现菜花状、鸡冠状的赘生物，质地柔软，易破溃出血。治疗上可遵医嘱使用鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏或干扰素凝胶等药物，也可通过激光治疗、冷冻治疗或手术切除等方式去除疣体。患者需避免不洁性行为，并建议性伴侣一同检查。
4、皮脂腺异位
皮脂腺异位是皮脂腺发育的生理性变异，通常与雄激素水平、局部刺激等因素有关，主要表现为龟头或包皮处出现淡黄色或白色的小丘疹，大小均匀，无融合趋势，无不适感。这种情况一般不影响健康，无须特殊处理。若因美观需求，可咨询医生后考虑激光治疗或电凝治疗。
5、生殖器疱疹
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起的性传播疾病，通常表现为龟头、包皮或会阴部出现簇集性小水疱，破溃后形成糜烂或溃疡，伴有灼热感或疼痛。治疗上可遵医嘱使用阿昔洛韦乳膏、伐昔洛韦片或泛昔洛韦片等抗病毒药物。患者需注意休息，避免劳累，治疗期间禁止性生活，以防传染给他人。
建议您尽快前往正规医院的泌尿外科或皮肤性病科就诊，通过专业检查明确小疙瘩的性质。在日常生活中，注意保持会阴部清洁干燥，穿着宽松透气的棉质内裤，避免使用刺激性强的清洁产品。在未明确诊断前，切勿自行挤压或涂抹药膏，以免加重病情或延误治疗。同时，注意规律作息，均衡饮食，适当运动，增强自身免疫力，有助于预防和改善相关症状。