龟头上有小疙瘩可能由珍珠状阴茎丘疹、包皮龟头炎、生殖器疱疹、尖锐湿疣、梅毒等原因引起，可通过保持局部清洁、使用药物、物理治疗或手术等方式处理。
1、珍珠状阴茎丘疹
这是一种常见的生理性变异，并非疾病，通常与局部卫生状况或包皮过长有关。主要表现为龟头冠状沟处出现一圈或数排小米粒大小的白色、淡红色小疙瘩，表面光滑，不痛不痒，也不会传染。这种情况一般无须特殊治疗，注意每天用温水清洗会阴部，保持局部干燥即可。
2、包皮龟头炎
可能与细菌如金黄色葡萄球菌感染或念珠菌感染等因素有关，通常表现为龟头红肿、瘙痒、出现红色小丘疹或糜烂，有时伴有白色分泌物。治疗上可以遵医嘱使用克霉唑乳膏、莫匹罗星软膏、复方曲安奈德乳膏等药物，同时注意勤换内裤，避免使用刺激性肥皂清洗。
3、生殖器疱疹
主要由单纯疱疹病毒感染引起，属于性传播疾病。症状为龟头、包皮上出现群集性小水疱，破溃后形成浅表糜烂或溃疡，伴有灼热感或疼痛，可能反复发作。患者需要遵医嘱使用阿昔洛韦乳膏、伐昔洛韦片、泛昔洛韦片等抗病毒药物，治疗期间应避免性生活，防止传染给他人。
4、尖锐湿疣
由人乳头瘤病毒感染所致，主要通过性接触传播。初期表现为单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，之后可逐渐增大、增多，呈菜花状或鸡冠状。治疗可遵医嘱使用鬼臼毒素酊、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物，也可通过激光、冷冻等物理治疗去除疣体，并建议性伴侣一同检查。
5、梅毒
由梅毒螺旋体感染引起，属于性传播疾病。一期梅毒可在龟头部位出现单个无痛性硬结或溃疡，即硬下疳，边界清晰，表面可有少量浆液性分泌物。患者需遵医嘱使用苄星青霉素注射液、普鲁卡因青霉素注射液、头孢曲松钠注射液等药物进行规范治疗，治疗后需定期复查血清学指标。
日常应穿着宽松透气的棉质内裤，避免搔抓局部，饮食上减少辛辣刺激性食物摄入，戒烟限酒。如果发现龟头小疙瘩持续存在、增多、破溃或伴有疼痛、发热等全身症状，建议及时到皮肤科或泌尿外科就诊，通过醋酸白试验、病毒检测或血清学检查明确诊断，避免自行用药延误病情。