从艾滋病毒感染到发病有一个完整的自然过程，临床上分为急性感染、潜伏期、艾滋病早期和典型艾滋病四个阶段。并不是每个感染者都有一个完整的四个阶段，但每个疾病阶段的患者都可以在临床上看到。四个时期不同的临床表现是一个渐进而连贯的病程发展过程。
1.急性感染期
窗口期也在这个时候。HIV入侵人体后对身体刺激的反应。患者发烧、皮疹、淋巴结肿大、疲劳、出汗、恶心、呕吐、腹泻、咽炎等。有些还有急性无菌性脑膜炎，表现为头痛、神经症状和脑膜刺激。外周血检查，白细胞总数正常，或淋巴细胞减少，单核细胞增加。在急性感染期，症状往往较轻，容易被忽视。当这种发烧和其他身体不适症状出现后5周左右时，血清HIV抗体可呈阳性反应。此后，临床上出现了长度不同、相对健康、无症状的潜伏期。
2、潜伏期
感染者可能没有临床症状，但潜伏期不是静止期，更不用说安全期了。病毒继续繁殖，具有很强的破坏作用。潜伏期是指感染HIV从艾滋病的临床症状和体征开始。艾滋病的平均潜伏期现在被认为是2-10年。这使得早期发现和预防患者非常困难。
3.艾滋病早期
潜伏期后开始出现与艾滋病有关的症状和体征，直至发展成典型的艾滋病的一段时间。这个时期，有很多命名，包括"艾滋病相关综合征"、"淋巴结相关综合征"、"持续性泛发性淋巴结病"、"艾滋病前综合征"等等。此时，患者具有艾滋病最基本的特征，即细胞免疫缺陷，但症状较轻。主要临床表现为：
(1)淋巴结肿大
早期最重要的临床表现之一。主要是浅表淋巴结肿大。发生的部位多见于头颈部、腋窝、腹股沟、颈后、耳前、耳后、股淋巴结、颌下淋巴结等。一般至少有两个部位，有的多达十几个。肿大的淋巴结对一般治疗无反应，常持续肿大半年以上。约30%的患者临床上只有浅表淋巴结肿大，没有其他全身症状。
(2)全身症状
患者常有全身不适、肌肉疼痛等病毒性疾病症状。大约50%的疾病有疲劳、虚弱和周期性低热，通常持续数月。夜间盗汗，1月内超过5次。大约三分之一的患者体重减轻了10%以上。这种体重减轻不能简单地用发烧来解释，补充足够的热量也不能控制体重减轻。有些患者头痛、抑郁或焦虑，有些患者感到神经末梢病变，这可能与病毒侵入神经系统有关，有些患者可能有反应性精神障碍。四分之三的患者可能有脾脏肿胀。
(3)各种感染
除上述浅表淋巴结肿大和全身症状外，患者还经常出现各种特殊或复发性非致命感染。反复感染会加速疾病的发展，使疾病进入典型的艾滋病期。大约有一半的患者有严重的足癣，通常是单侧的，缺乏对局部治疗的有效反应。葡萄球菌感染常发生在患者的腋窝和腹股沟内。
其他常见的感染包括非链球菌性咽炎、急性和慢性鼻窦炎和肠道寄生虫感染。许多患者排便次数增加，变薄，粘液增多。它可能与肠道直肠炎和各种病原微生物的侵袭有关。此外，毛状白斑可出现在口腔中，这是艾滋病早期诊断的重要线索。
典型的艾滋病期
有学者称之为致死性艾滋病，是艾滋病毒感染的最后阶段。本期有三个基本特征:
细胞免疫缺陷严重。
发生各种致命的机会性感染。
各种恶性肿瘤发生。
在艾滋病结束时，免疫功能完全崩溃，患者出现各种严重的综合疾病，直至死亡。
艾滋病的诊断不能仅仅依靠临床表现，最重要的是检查员的血液检测是否为阳性结果，因此怀疑自己的感染HIV之后要及时到当地卫生检疫部门检查，千万不要乱下诊断。