自慰不太可能发生性传播疾病，但这也是可能的。男性自慰的概率很低，但部分男性在自慰过程中会因粗放的行为而导致阴茎皮肤撕裂和断裂，导致局部真菌和细菌感染。女性仅通过刺激外阴自慰，一般不会患性病，但有些人是通过器械自慰，如果用具不及时清洗卫生，真菌可通过阴道发生，细菌性感染，真菌性阴道炎，细菌性阴道炎也是性病。
自慰一般不受艾滋病感染，因为没有艾滋病感染源，艾滋病感染源一般仅限于艾滋病患者，不与艾滋病患者接触，不可能让自己感染艾滋病。没有HIV病毒就不会感染周围的环境和自慰工具。艾滋病患者的体液或血液可能被他们的手或自慰装置污染，而且他们感染艾滋病的可能性也很小，即使过了一段时间，艾滋病毒体外灭活的时间也可能太长。