男性尖锐湿疣的治疗一定要采用综合的治疗：治疗诱因（包皮过长以及淋病）和提高机体免疫力以及应用抗病毒药物。普遍只要坚持规范的综合治疗都能够治愈。也能使用物理治疗，例如激光、电灼、冷冻等。首先需增强身体的免疫力。
1、手术治疗
治疗诱因：阴茎皮过长，淋病。针对单发或面积不大的湿疣，能够使用手术切除；但是巨大尖锐湿疣，可用Mohs氏手术进行切除。治疗时用冷冻切片检查损害是否切除完整。
2、冷冻疗法
利用零下一百一十九度低温的液态氮，使用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死部分的脱落。
本法适用于数量不多，面积不大的湿疣。可行一到两次次治疗，间隔时间为一周。
3、激光治疗
一般使用co2激光，使用烧灼法治疗尖锐湿疣，这种方法最针对于阴茎或肛周的湿疣。能够让单发或少量多发湿疣可行一次性完美治疗，关于多发或面积大的湿疣能够进行两到三次治疗，间隔时间普遍为一周。
4、电灼治疗
使用高频电针和电刀切除湿疣。本疗法适用于数量不多，面积不大的湿疣。
5、微波治疗
使用微波手术治疗，利多卡因进行局部麻醉，将杆状的辐射探头尖端伸入尖锐湿疣直达疣体底部，如果看到疣体变小和颜色变暗以及由软变硬的时候，则热辐射凝固完成，就能够抽出探头。凝固的病灶能够用镊子夹除。但是为防止复发，要对残存的基底部重复凝固一次。
6、β-射线治疗
这种方法疗效很好，没有疼痛，没有损伤，副作用少，重复发做的概率较低，在临床上有推广的意义。
7、药物疗法
足叶草脂这种疗方法应用于湿润区域的湿疣，比如发生于阴茎皮过长而没有作过包皮环切手术的阴茎头湿疣。
用百分之二十足叶草脂酊剂抹到皮肤损伤处，也可以用药前先使用油质抗菌药膏保护皮损周围的正常皮肤以及黏膜，最后再涂药。用药后四到六个小时，用百分之三十的硼酸溶液或肥皂水清洗。必要时三天后继续用药。该药是国外用于本病治疗的首选药，一般用一次可愈。
。