口服避孕药的原理是一直脑垂体激素分泌，使卵巢无法生成卵泡，不能排卵，没有了卵泡发育、排卵的过程，功能性卵巢囊肿也就不会发生，所以，口服避孕药本身就是预防这些囊肿的方法。而对于已出现的功能性卵巢囊肿，服用避孕药后，卵巢处于“消停”状态，囊肿也会消退得更快。
当然，这些囊肿一般不需要专门去治疗，只有超过三个月还不消退（三个月后最好作B超复查），或者引起腹痛、月经改变者，医生才会建议口服三个月避孕药帮忙。而对于不能确定性质的囊肿，这也是一种鉴别方法。
卵巢巧克力囊肿一般需要手术治疗，但由于激素原因仍在，术后常易复发，一般都需要口服避孕药中的高效孕激素，以抑制异位内膜的生长，促使异位内膜萎缩，这样既预防或延缓囊肿复发，也减轻疼痛。上文提到的李倩，就是此例，只不过因为囊肿还比较小，她自己抗拒手术，医生才建议其先服药试试。
而对于多囊卵巢，口服避孕药本身就是最主要的治疗方法。
避孕药能避的是和激素相关的囊肿。至于畸胎瘤、黏液性囊腺瘤、浆液性囊腺瘤以及单纯性的卵巢囊肿，这些肿瘤的发生与性激素关系并不大。口服避孕药对这些肿瘤自然没有任何保护作用。
周期性的排卵使卵巢上皮反复损伤和修复，这个过程容易发生上皮细胞遗传变异，进而导致卵巢癌的危险性增加。据国外调查，未产妇、不用避孕药而排卵次数多的妇女，比经产妇和服用口服避孕药的妇女发生卵巢癌的危险性增加。因此，口服避孕药还是预防卵巢癌发生的一个有效方法。
口服避孕药对多种卵巢囊肿有益，却不建议发现囊肿的女性随便服用。一方面，普通体检只能告知“卵巢囊肿”，其真正性质却需要妇科B超等专科检查才能鉴别；另一方面，激素调节极其复杂，并非“口服避孕药”一句话了事，剂量和期限都需严格调控。口服紧急避孕药，不仅起不到保护作用，多次使用反而可能促使卵巢囊肿的发生。
育龄期妇女服用口服避孕药三个月，卵巢囊肿仍增大或持续存在，应继续就诊，再次排除恶性肿瘤的可能。若卵巢囊肿直径已超过5厘米，或囊肿持续3个月仍存在，则应考虑手术治疗。