士燮十分感谢董奉，把他留在府中。但后来士燮阴谋反叛朝廷，担心董奉泄露他的密谋，想害死董奉。董奉假死，骗过士燮后逃走。 董奉离开交州后，归隐山林，隐居在江西庐山一带。传说董奉为老百姓看病，分文不取，只要重病治愈者在屋后种上五棵杏树，轻病治愈者在屋后种上一棵杏树。数年之后，屋后有杏树万株，郁然成林。杏子成熟时，董奉便将杏子出售，换取谷子，并将所得谷米用于救济贫民。若有人偷摘杏子，杏林中便会窜出猛虎，驱逐偷窃者。
传说某一日，董奉在杏林中白日飞升，得道升仙而去。因这一典故，后世将中医界称为“杏林”，称颂医家则为“杏林春暖”。 董奉为什么要求种杏树，而不是其他果树？杏仁是一味常用中药，性微温、味苦、有小毒。可降气止咳平喘，润肠通便。董奉身处于三国战乱时期，在那个年代，伤寒肆虐，张仲景的《伤寒论》是中医治疗伤寒的巅峰。
《伤寒论》中治疗伤寒的名方麻黄汤有四味中药，麻黄桂枝杏仁炙甘草，就有杏仁这味药，除此之外，大青龙汤、麻黄加术汤、麻黄杏仁薏苡仁甘草汤等伤寒方剂中也都含有杏仁这味药，杏仁在那个年代的需求量很高。 “杏林春暖”的故事能够流传，是对于董奉作为一个医者德行的至高评价。这种评价不单是因为董奉医术出众，体恤病患。还因为他作为一个医者的广阔胸襟和具有国家级战略高度的大局观。在那个战火纷飞的年代，各地政权的主要财力都集中在军事上，地方州府对于药材储备存量的调控机能必然已经失效。
董奉作为一方名医，不但免费为乡里排除病患，又用栽植杏林这样一种手段为当地储备足量的必备药材，保得一方水土的安康。这样的才智并非凡人可及，也值得我们当代医者体悟和学习。