父亲和儿子做亲子鉴定时母亲不在场是可以的，亲子鉴定通常只需要提供父亲和孩子的生物样本即可完成检测。亲子鉴定主要通过比对DNA信息来确定亲子关系，母亲的参与并非必要条件，但若母亲能提供样本，可能有助于提高鉴定结果的准确性。
亲子鉴定机构通常要求提供父亲和孩子的血液、口腔黏膜细胞或毛发等样本，通过提取DNA进行STR分型检测。实验室会分析多个基因座的数据，计算亲权指数。即使母亲未参与，只要父亲和孩子的样本质量合格，依然能得出明确的鉴定结论。部分特殊情况下，如孩子存在基因突变或罕见遗传特征时，母亲的样本可能帮助排除干扰因素。
极少数情况下，若父亲与孩子存在近亲关系或特殊基因遗传模式，缺乏母亲样本可能导致结果出现偏差。例如当父亲是孩子的舅舅等近亲属时，单纯依靠父子样本可能产生假阳性结果。此时建议补充母亲样本或增加检测基因位点数量以提高准确性。选择正规鉴定机构时，可咨询专业人员是否需要母亲样本作为辅助参考。
进行亲子鉴定前应选择具有司法资质的正规机构，确保检测流程符合国家标准。采样过程需注意避免样本污染，孩子若未成年需监护人知情同意。鉴定结果可能对家庭关系产生重大影响，建议提前做好心理建设，必要时可寻求专业心理咨询。日常生活中应注意保护个人生物信息隐私，妥善保管鉴定报告。
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