先天性睾丸发育不良或后天性原因如泌尿生殖道感染、内分泌异常、精索静脉曲张等均会造成睾丸生精功能低下，并导致少精、弱精或畸形精子症。
但是，也有相当一部分患者的精液质量异常原因不明，称为“特发性精液异常”。
对于器质性的病变，如垂体肿瘤等因素所导致的精液异常可以采取手术治疗。而更多的精液异常是可以通过药物治疗的方法来得到改善。
这方面常用的药物有抗雌激素制剂、雄激素制剂、能量代谢制剂、维生素类制剂、微量元素制剂以及中药制剂。
需要注意的是，由于精子的生成和成熟大约需要经过八十天左右的时间，因此药物治疗的时间需要在三个月以上。
如果通过药物或手术治疗无法解决精液异常，则可选择辅助生殖技术助孕治疗。
对于男方精子活力低下而女方无异常情况的夫妇可以采用宫腔内人工授精（IUI）的方法助孕；对于重度少、弱精子症患者，则需要通过卵细胞浆内单精子注射（ICSI）的方法助孕治疗。