1、产生抗精子抗体
当男性生殖道出现炎症，如前列腺炎、精囊炎、输精管炎或睾丸受病毒感染，或者受到外伤、高温、化学药物的损害时，就会出现免疫机能亢进，产生一种叫抗精子抗体的物质。
带抗精子抗体的精子进入女性生殖道后，就会妨碍与卵子的结合，因为抗精子抗体可使精子粘附在宫颈黏液中而难于通过子宫颈，也可抑制精子整体的活性，使精子不易穿透各种屏障，阻碍了精子与卵细胞的融合。这样的精子即使与卵子结合，也很难巩固，其结果会影响发育中的胚胎甚至导致胚胎死亡和流产。
2、先天性器官异常
男子性器官先天畸形有的难以矫正，但如能及时发现，在儿童期手术是可以矫治的。由于人们缺乏这方面的知识，或羞于去医院检查，致使有些患者错过治疗机会，从而导致生育能力下降或者不育。
3．精索血管结构异常
精索静脉曲张时，精索静脉内血流变慢，由于静脉丛淤血而导致睾丸局部温度增高，影响精子的产生。左侧肾静脉毒素如果流到睾丸，则会引起睾丸萎缩，导致精子畸形、活动力下降，严重的情况可致使精子数量下降，降低生育能力。
4、激素异常
由于激素异常引起的不育约占不育患者的5%~10%。高泌乳素、卵泡雌激素、黄体生成素都会导致睾丸发育异常，影响精子活动甚至引起阳痿。另外，有一些患者发生脑垂体瘤也会引起男性激素异常，从而导致不育。垂体瘤是常见的颅内肿瘤，近年发病率呈现持续上升趋势。
5．泌尿生殖系反复感染
反复的尿道感染，会影响精液的品质，造成男性不孕。披衣菌是造成副睾丸炎常见的原因。疱疹病毒和人类乳突病毒同样会降低精子活动力。这些感染都会降低生育能力，需要尽早治疗。