慢性细菌性前列腺炎由于其症状多变，理应与以下疾病相鉴别：
1、慢性尿道炎或膀胱炎
这两种病的临床表现与慢性前列：中的尿路刺激症状十分类似，尿常规检查，小便中都可发现白；，但作前列腺检查可无异常发现，说明病灶不在前列腺。
2、前列腺痛
该病前列腺无实质性病变，表现为会阴部和耻。区疼痛和压痛，有排尿障碍等尿路刺激症状表现。以往此症；为梨状肌肛提肌症候群，但前列腺触诊正常，前列腺液镜检也常发现，前列腺液及尿液培养无细菌。
3、肉芽肿性前列腺炎
尽管该病症状、直肠指检易与慢性前列腺炎相混淆，但肉芽肿性前列腺炎进展快，可迅速发生尿潴留，短期内硬结生长较快。鉴别时需做前列腺活体组织检查方能区别，在组织学检查则表现为肉芽肿性反应，而一般的慢性前列腺炎则无此反应。
4、卡他性前列腺炎或前列腺病（亦称非细菌性前列腺炎）
该病临床症状与慢性前列腺炎很难区别。会阴部疼痛不适，有排尿及性功能障碍等表现。前列腺液检查有多量卵磷脂小体，白细胞稍增多，但多次涂片及细菌培养均无细菌生长。
5、无菌性前列腺炎（又称前列腺溢液、前列腺漏或慢性前列腺充血）
该病大、小便终末虽有乳白色分泌物从尿道流出，并常合并精神症状。但直肠指检、前列腺液镜检均正常，细菌学检查阴性，说明无致病微生物。