Y染色体可以稳定遗传数千年，但会随世代更替积累微小变异。Y染色体是男性特有的性染色体，通过父系单向传递，其核心基因片段在遗传过程中具有高度稳定性，但每代可能发生少量碱基突变或结构变异。
Y染色体的特殊遗传机制使其能够长期保留祖先特征。减数分裂时Y染色体仅与X染色体在伪常染色体区发生重组，其余95%区域不发生基因交换，这种保守性使STR短串联重复序列和SNP单核苷酸多态性可追溯数千年前的父系谱系。现代分子人类学通过检测Y染色体单倍型群，已成功重建欧亚大陆部分族群的迁徙路线，某些古老单倍型如R1a-M420的传承历史超过5000年。
环境因素和生物机制会导致Y染色体逐步变异。辐射暴露、化学诱变剂等可能提高突变概率，精子发生过程中DNA复制错误率约每代0.3×10⁻⁸。虽然Y染色体基因缺失可能引发不育等生殖障碍，但自然选择会淘汰严重缺陷的Y染色体，功能性基因如SRY性别决定基因在进化压力下保持高度保守。表观遗传修饰如DNA甲基化虽不改变碱基序列，但可能通过调控基因表达影响Y染色体的功能传承。
保持健康生活方式有助于维护Y染色体稳定性。避免长期暴露于电离辐射和有毒化学物质环境，保证膳食中富含锌、硒等微量元素，规律进行有氧运动促进细胞代谢，这些措施能降低生殖细胞DNA突变风险。对于有家族遗传病史的男性，可通过基因检测了解Y染色体特定变异情况，必要时在专业遗传咨询师指导下制定生育计划。