生殖器疱疹63％的HSV2和37％的HSV1首次感染不出现临床症状。典型症状表现为疼痛、排尿困难、尿道或阴道分泌物增多、疼痛性腹股沟淋巴结肿大、累及直肠可表现为直肠疼痛、分泌物增多及里急后重等。
一般将生殖器疱疹分为原发性、复发性、亚临床、不典型、无症状等。
1、原发性生殖器疱疹
为第一次感染HSV而出现临床症状体征者。潜伏期为2-14天（平均3～5天）；典型表现为外生殖器部位广泛对称性分布的多发性红斑、丘疹、水疱，2-4天后破溃形成糜烂或溃疡。早期症状可包括：生殖器或肛门区的瘙痒或灼热，头痛，发烧，淋巴结肿大等，病程多为2-3周。
2、复发性生殖器疱疹
多见于生殖器HSV-2感染者；一般首次复发出现在原发感染后1-4月。复发频率平均每年3-4次。多数患者发疹前数小时至5天出现前驱表现，表现从轻微的麻木、刺痒、烧灼感、刺痛、隐痛和会阴坠胀感到臀部、大腿和髋部的放射样痛等；皮损数目较少，簇集的小水疱，很快形成糜烂或浅溃疡，分布不对称，局部轻微疼痛、瘙痒、烧灼感，病程通常为6～10天，皮损多在4～5天愈合。
3、亚临床感染
为无临床症状和体征的HSV感染。但存在无症状排毒，可有传染性。
4、不典型或未识别的生殖器疱疹
不典型皮损可表现为生殖器部位的微小裂隙、溃疡、红斑等，易被忽略。
5、特殊类型生殖器
表现为疱疹疱疹性直肠炎、疱疹性子宫颈炎、新生儿疱疹播散性HSV感染（表现为疱疹性脑膜炎、肝炎、肺炎及皮肤感染）、妊娠期生殖器疱疹（可造成胎儿宫内发育迟缓、流产、早产甚至死产）等。
6、艾滋病与HSV感染
可表现为广泛性、多发性、慢性持续性溃疡，疼痛剧烈，易发生疱疹性脑膜炎及播撒性HSV感染。