经常吃菌菇一般没有明显坏处，但过量食用或特殊情况下可能引发胃肠不适、过敏反应、重金属蓄积风险、尿酸升高及药物相互作用等问题。菌菇富含膳食纤维和微量元素，合理食用对健康有益。
菌菇含有较多膳食纤维和几丁质，过量摄入可能加重胃肠负担。部分人群食用后会出现腹胀、腹泻等消化不良症状，尤其胃肠功能较弱者需控制摄入量。建议将菌菇切碎烹煮至软烂，避免与高纤维食物同餐食用。
部分人群对菌菇类蛋白质过敏，食用后可能出现皮肤瘙痒、口腔肿胀或呼吸道症状。野生菌更容易引发过敏，首次尝试新菌种时应少量测试。既往有食物过敏史者应谨慎食用。
生长在污染区域的菌菇可能富集土壤中的铅、镉等重金属。长期大量食用此类菌菇可能导致重金属蓄积，建议选择正规渠道购买的栽培品种，避免频繁食用野生菌。
菌菇嘌呤含量中等偏高，痛风急性发作期患者应限制摄入。日常食用时建议搭配碱性食物，避免与啤酒、海鲜等高嘌呤食物同食。肾功能不全者需在医生指导下控制食用量。
部分药用菌菇如灵芝、云芝可能影响抗凝药物代谢。正在服用华法林等药物的人群，应咨询医生后再决定是否食用药用菌菇，避免出现凝血功能异常。
建议日常食用菌菇时注意品种多样化，每周摄入3-4次为宜，单次食用量控制在100-150克。优先选择香菇、平菇等人工栽培品种，烹饪前充分清洗并彻底加热。特殊体质人群可记录饮食反应，出现不适及时就医。合理搭配蔬菜水果和优质蛋白，能更好发挥菌菇的营养价值。