如果患者存在阴道囊肿，通过妇科双合诊和三合诊可以观察到。但若囊肿较小，则可能需要进行超声等其他检查才能发现。
1.妇科双合诊：女性在做妇科双合诊时，在触摸子宫体、附件区以及宫颈时会摸到一些包块，此时医生会对包块的大小、位置、质地等情况进行判断，并且还会对包块的具体情况作出描述。对于比较大的阴道囊肿来说，一般都能被触及时，而小的阴道囊肿则可能会因为体积太小而不易触及。所以当出现无法触及的情况时，建议配合医生进行超声检查来明确诊断。
2.三合诊：三合诊是指在进行双合诊的同时再加肛门指检，其主要目的是为了了解直肠及阴道后穹窿处有无病变。由于此处容易发生肿瘤浸润或种植转移，因此需经常进行三合诊以了解是否有异常情况的发生。
3.其他检查：除上述常见检查以外，还可以遵医嘱行CT检查、MRI检查（核磁共振）等影像学检查帮助确诊疾病。其中CT检查是利用X线计算机断层扫描技术对人体某一器官做出形态、功能及代谢等方面的检测，从而进一步判定该器官是否出现了病变。而MRI检查是一种非侵入性的医学影像检查技术，具有高分辨率的特点，可以帮助医生准确地鉴别出各种良恶性肿瘤。
还可能是可以通过病理活组织检查等方式辅助判断出来的。建议根据个人实际情况前往医院就诊，必要时应积极配合医生治疗。日常生活中要注意保持局部清洁卫生，勤换洗内衣裤，以免影响病情恢复。