药物流产实际上成功率不高，稍有不慎就会发生不完全流产，因此在药物流产前，患者必须首先了解药物流产可能发生的不良反应。通常常见的不良反应有有阴道流血、胃肠道反应、迷走神经兴奋症状等。
阴道出血
药物流产后患者阴道出血时间一般在2周以内，出血量一般不超过平时月经量正常，药物流产后出血时间超过2周或出血量超过平时月经量时，应尽量查明出血原因，及时清宫术。
胃肠道反应
一般为米非司酮比较常见的一种不良反应。患者用药后出现呕吐、腹痛、恶心、腹泻等，常伴有轻度发热症状。轻者可留待观察，无需特殊的处理。重者应在卧床休息的基础上积极对症治疗。
迷离神经兴奋症状
个别女性用药后几分钟内可能会出现出汗、胸闷、心悸、烦躁、脸色苍白、心情缓慢等迷离神经兴奋症状。
不全流产
临床上由米非司酮与米索前列醇配伍来终止早孕的成功率一般可达90%-99%，失败的原因主要是发生了不全流产，即有部分的胚胎组织还滞留在宫腔内。