龟头上起了两个小疙瘩可能是龟头炎、包皮过长、尖锐湿疣等原因导致的，可以通过药物以及手术的方式进行治疗。
1、龟头炎：可能是个人卫生不洁、感染等原因导致的，会使细菌侵袭局部，在炎症的刺激下也会使龟头有红色点状凸起物，如果不及时治疗还会伴随着疼痛、瘙痒等症状，需要遵从医嘱使用氟康唑片、甲硝唑片、倍他米松片等药物治疗。
2、包皮过长：考虑是长期自慰、先天发育异常等原因引起的，如果不及时清洁会使包皮垢堆积局部，出现瘙痒、疼痛等现象，部分严重的患者还会伴随着出血、水疱等情况，可以在医生的指导下使用传统包皮环切术、改良包皮环切术、器械辅助包皮环切术等方式进行治疗。
3、尖锐湿疣：可能是拥有多个性伴侣、不洁的性生活等原因导致的，会引起病毒侵袭局部，使龟头长类似菜花一样的疙瘩，出现性交不适、疼痛等症状，需要在专业的医生指导下使用咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素软膏、氟尿嘧啶乳膏等药物治疗。
除以上常见原因以外，还可能是珍珠状丘疹、生殖器疱疹、阴茎癌等疾病导致的。如患者还出现其他不适症状，需要及时去医院就诊，以免延误病情。