1.生殖器疱疹危害极大，根据国外科研机构的报告，生殖器疱疹可能是导致流产后不孕和男性不育的重要因素。约80%的女性与阴茎疱疹男性有一次性接触，孕妇生殖器疱疹也可引起子宫hsv新生儿感染和感染对胎儿有严重影响。
2.生殖器疱疹传染性强，危害严重，复发率高。近年来，生殖器疱疹患者数量不断增加，尤其是性活跃者中，约30%患有生殖器疱疹。最新统计显示，该病的发病率仅次于淋病和梅毒。
3.生殖器疱疹还可引起一系列并发症，如传播性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎和脊髓神经根疾病。一些生殖器疱疹病毒hsv-沿神经轴通过周围神经转向三叉神经节，hsv-2.骶神经节长期潜伏在神经细胞中。
4.易与其他疾病混合感染。在临床治疗中，发现生殖器疱疹常与淋病、非淋菌性尿道炎、梅毒、尖锐湿疣、阴道念珠菌病、滴虫等其他性传播疾病混合。
5、进食困难、窒息：如发生在口腔或喉咙损伤，患者可出现进食困难、吞咽困难、声音嘶哑，严重甚至因生殖器疱疹损伤堵塞气管，导致窒息死亡，特别是婴儿生殖器疱疹患者易发生。
6、排尿不良：如果生殖器疱疹患者发生在尿道内，患者可出现尿道不适、溢尿、肉眼血尿、尿道口分泌物，会感到尿道堵塞、排尿不良或排尿困难。如果尿道病变严重累及膀胱，可发生双侧输尿管阻塞，导致肾积水、肾感染、肾功能不全。这些也是生殖器疱疹的早期症状。