口服避孕药的原理是抑制脑垂体激素分泌，使卵巢无法生成卵泡，不能排卵，没有了卵泡发育、排卵的过程，功能性卵巢囊肿也就不会发生，所以，口服避孕药本身就是预防这些囊肿的方法。
当然，这些囊肿一般不需要专门治疗，只有3个月以上不会消失(3个月后最好超声波检查)引起腹痛、月经变化的人，医生建议口服3个月的避孕药。无法确定性质的囊肿也是鉴别方法。
卵巢巧克力囊肿一般需要手术治疗，但由于激素的原因还存在，术后容易复发，一般需要口服避孕药中的高效妊娠激素，抑制异位内膜的生长，促进异位内膜的萎缩，预防或延缓囊肿的复发，减轻疼痛。上文提到的李倩，就是此例，只不过因为囊肿还比较小，她自己抗拒手术，医生才建议其先服药试试。对于多囊卵巢，口服避孕药本身是最重要的治疗方法。
不治肿瘤，却能防癌
从上文我们可知，避孕药能避的，就是和激素相关的囊肿。至于畸胎瘤、黏液性囊腺瘤、浆液性囊腺瘤以及单纯性的卵巢囊肿，这些肿瘤的发生与性激素关系并不大。口服避孕药对这些肿瘤自然没有任何保护作用。
但值得注意的是，周期性排卵反复损伤和修复卵巢上皮，这个过程容易发生上皮细胞遗传变异，卵巢癌的危险性增加。国外调查显示，未产妇、未用避孕药排卵次数较多的女性，比经产妇或服用口服避孕药的女性产生卵巢癌的危险性增加。因此，口服避孕药是预防卵巢癌发生的有效方法。
专家说口服避孕药对多种卵巢囊肿有益，但不建议发现囊肿的女性随意服用。一方面，普通体检只能告知“卵巢囊肿”，其真正性质却需要妇科B超等专科检查才能鉴别；另一方面，激素调节极其复杂，并非“口服避孕药”一句话了事，剂量和期限都需严格调控。口服紧急避孕药，不仅没有起到保护作用，多次使用反而有可能促进卵巢囊肿的发生。
育龄期女性服用口服避孕药3个月，卵巢囊肿仍在增大或持续存在，应继续就诊，再次排除恶性肿瘤的可能性。卵巢囊肿直径超过5厘米或囊肿持续3个月时，应考虑手术治疗。