紧急避孕药虽然能起到一定的避孕作用，但也有很大的副作用，可能导致内分泌紊乱、月经紊乱，甚至阴道不规则出血。如果月经不调严重，可能会出现不孕，影响生育。
俗话说，药有三种毒性。紧急避孕药的毒性是常规避孕药的十倍以上。常见的不良症状有恶心、呕吐、头痛、头晕、、头晕、疲劳、乳房肿胀、出血和月经不规律。
增加异位妊娠的风险
许多妇女在服用紧急避孕药前很少仔细观察副作用，每年甚至每月服用三到五次。由于长期盲目、大量服用紧急避孕药导致月经紊乱，部分长期、多次服药后阴道不规则出血，导致盆腔炎症性疾病，增加不孕、异位妊娠的风险。
因为无知，一次又一次地伤害他们的健康。当他们结婚几年后想要孩子时，他们发现以前的炎症导致了输卵管阻塞。他们不得不接受输卵管再通手术或辅助生育技术，等待更多的痛苦。
在中国，对不规范使用药物导致不良反应的权威研究仍然有限，但长期、大量不当药物以及自我保护和调节不当后继发盆腔炎症确实是异位妊娠的危害因素。因此，建议那些使用紧急避孕药物作为常规药物"救星"的妹子们，在不得已需使用时，要先弄清楚如何正确用药以及在事后如何加强自我保护和调理，尽量避免不必要的伤害。
出现卵巢早衰
FSH是评价卵巢功能的常用指标。
女性的内分泌由下丘脑-垂体-卵巢轴控制。卵巢的功能主要是分泌雌激素、孕酮和雄激素，以调节子宫内膜的周期变化。紧急避孕药一般是单侧孕酮。其作用原理之一是用大剂量孕酮抑制卵巢功能，抑制排卵当女性在短时间内重复服用时，会反复抑制卵巢功能，从而扰乱体内正常的内分泌轴，甚至有些人会出现卵巢早衰。
容易月经紊乱
对于女孩来说，多次服用紧急避孕药首先容易出现月经紊乱，特别是大量服用，容易出现嗜睡、呕吐、头晕、月经不规律等症状。此外，女孩的一些内分泌生殖器官还不成熟，如果服用避孕药，会对卵巢、子宫的发育产生不良影响，包括性激素的发育。
专家建议，年轻夫妇最好选择常规和安全的避孕方法，如男性避孕套。如果避孕失败，必须使用紧急避孕药物，一年不得超过两次。
专家解释，服用紧急避孕药后常出现月经紊乱，是由于药物抑制排卵，卵巢分泌雌激素量少，药物内含雌激素量也较少，子宫内膜不能正常生长，内膜变薄，故经量减少。个别女性因避孕药的抑制作用过度，在停药后不发生撤退性出血，继而出现闭经。
易引起子宫出血
无论哪种成分的紧急避孕药，都含有大剂量的孕酮，能迅速抑制排卵，使宫颈粘液粘稠，防止精子通过。此外，它还可以影响子宫内膜，防止受精卵植入，并通过这些效果预防怀孕
由于剂量大，副作用多，紧急避孕药只是临时补救措施，避孕效果明显低于常规口服避孕药，副作用相对高于常规避孕方法。
需要提醒的是，那些幸运的女孩，偶尔服用会导致月经周期的变化，如果在短时间内多次服用，会导致不规则的子宫出血或滴出血延长，对健康非常有害。