生殖器疱疹，多由单纯疱疹2病毒引起，但也有一部分人是由单纯疱疹1病毒引起，有一些人臀部发单纯疱疹，也会慢慢移行到生殖器部位，引起生殖器疱疹。
疱疹病毒很难被完全杀死，极其容易复发，通俗的讲，象乙肝病毒、免疫缺陷病毒、各种流感病毒等，很难被完全杀死，因此，病毒性的皮肤病很难完全治愈。西医常用增强免疫的药物，如胸腺肽、转移因子、薄芝糖肽等;抗病毒的药物，如干扰素、阿昔洛韦、泛昔洛韦、更昔洛韦、阿糖腺苷、膦甲酸钠等进行治疗，皮损可以痊愈。但如果生活不规律、饮酒、熬夜、长期腹泻、女性患者月经期，可造成免疫力低下，皮损就会复发。一旦复发，频率会逐渐增多，有的患者每月复发一次，有的长期持续存在，造成了严重的社会和家庭负担。尤其对于年轻女性患者，可以影响生育。因此，单纯的西医治疗不能解决疱疹的复发问题。
中医学根据生殖器疱疹的不同时期，采用治标、治本的方法。在急性期，生殖器部位出现水疱、疼痛，因肝经绕阴器，肝经湿热下注则发水疱，故以清利肝经湿热，兼以解其余毒为主要治法。急性期一过，则根据个人的不同体质扶正以治本，防止复发。如患者长期大便稀，或伴有肠炎，多由脾气虚，中气下陷所致，应以健脾为主;如患者时有腰酸、腰痛，多从肾着手治疗，这时要辨别患者是肾阴虚还是肾阳虚，分别治之;如患者精神紧张，夜寐欠佳，舌红，小便黄，多由心肾不交所致，清心火滋肾阴或温肾阳;如女性患者常在月经前后复发，多由冲任失调所致，治以调摄冲任。
中医学从整体出发，调理自身的阴阳平衡，临床取得了显著的效果，多数患者在经2-3个月的治疗后，基本控制复发或达到不复发。