长效避孕药中的雌激素刺激胃黏膜，可引起食欲不振、恶心、呕吐、乏力、头晕等类似孕早期的反应。但一般不须特殊处理(可口服维生素B6、维生素C等帮助减轻症状)，数日后症状可减轻或消失(症状严重者会持续1-3个星期)。
服药期间月经减少，闭经的个别错过的女性可以出现不规则的阴道出血。
3、体重增加
避孕药配方不断改进，目前这种不良反应明显减少。
如面部蝴蝶斑、对生殖的影响等。
一般来说，长效避孕药的不良反应比短效避孕药多，同时长效避孕药的半衰期长，一旦发生不良反应，处理也很麻烦。因此，现在建议尽量选择短效避孕药。长效避孕药每月口服一次，看起来方便，但从安全的角度来看，短效避孕药比较好。