避孕有独特的优点，也有可能发生的副作用。理解这些副作用，在使用中注意预防，充分发挥紧急避孕的作用，最大限度地减少可能的副作用。紧急避孕药使用后，可能会发生以下副作用:
(1)呕吐:药物发生率不同，左炔诺孕酮约5%，米非司酮约1%。通常，与食物同时服用或睡前服用药物可以降低恶心和呕吐的发生率，但没有准确的临床数据。
(2)不规则子宫出血:部分女性用药后阴道点滴出血，一般无需处理。
(3)月经变化:很多女性月经按时来潮，有些女性月经提前或延迟。月经推迟一周，应进行尿妊娠试验，明确是否紧急避孕失败。
(4)其他:乳房胀痛、头痛、头晕、无力等症状一般轻微，持续时间不超过24小时。乳房胀痛、头痛严重者可用阿司匹林或其他止痛药对症治疗。