关于避孕药的使用安全问题一直争议不断，避孕药可能引发乳腺癌的争论也还未尘埃落定，又有人提出，口服这些短效避孕药可能使子宫肌瘤增大，从而危害女性健康。
根据世界卫生组织建议，服用避孕药从安全性上分为4个级别，最安全的是适合使用;其次是并非首选，但可在医生指导下使用;三是弊大于利，但无其他方法情况下不得不选择;四是绝对不能选择。对于子宫肌瘤患者来说，最好选择单孕激素避孕药，也就是不含雌激素的避孕药;或者选择雌激素剂量低的复方口服避孕药，应该不会造成子宫肌瘤的生长。
但是几类女人明确不宜口服避孕药，比如患有急、慢性肝炎和肾炎的妇女、患有心脏病或心功能不良和高血压的妇女等。另外，过去月经过少者最好不用，因为长期使用避孕药可使子宫内膜呈萎缩状态，更会减少月经量;避孕药可使乳汁分泌减少，并降低乳汁的质量，还能进入乳汁，对哺乳儿产生不良影响，所以哺乳期妇女也不宜使用。
除了医学上的禁忌外，专家还提醒，由于口服短效避孕药的服药时间、使用方法不当都可能影响避孕成功率，因此生活不规律或是三班倒、上夜班的女性以及经常忘记吃药的女性也都不适宜口服避孕药避孕。其实避孕的方法除了口服避孕药外还有很多选择，如使用安全套，既可以避孕又能预防性病等传染病。另外，生育过的女性以及有长期生育间隔的女性，还可以选择宫内节育器或者上环等方式来避孕。