月经干净的第三天同房，怀孕的概率较低，但并非绝对安全。月经周期规律的女性，此时通常处于安全期，卵泡尚未成熟排卵，因此受孕可能性较小。但如果月经周期较短或存在排卵提前的情况，则仍有一定怀孕风险。
大多数情况下，月经干净后的第三天属于卵泡期早期，子宫内膜处于增殖期，卵巢内的卵泡正在发育但尚未成熟排出。对于月经周期为28-30天的女性，排卵通常发生在下次月经来潮前的14天左右，月经干净后第三天距离排卵日还有较长时间，精子在女性体内存活时间有限，因此难以与卵子结合形成受精卵。此时同房怀孕的概率很低，可以视为相对安全期。但安全期避孕法并非绝对可靠，因为女性排卵可能受到情绪、环境、压力、疾病等多种因素影响而提前或推迟，导致安全期计算失准。
少数情况下，月经干净的第三天同房仍可能怀孕。如果女性月经周期较短，例如21-23天，排卵日可能提前到月经结束后不久，甚至月经干净后第三天卵泡已经发育成熟并排出卵子。另外，部分女性存在排卵期出血或额外排卵现象，也可能在非预期时间排出卵子。精子在女性生殖道内可以存活2-3天，如果同房后短期内发生意外排卵，精子与卵子相遇即可导致怀孕。因此，对于月经周期不规律、经期较长或排卵期不易判断的女性，月经干净后第三天同房并非绝对安全，存在一定的受孕概率。建议没有生育计划的女性采取可靠的避孕措施，如使用避孕套或口服短效避孕药，以降低意外怀孕风险。
月经干净后第三天同房怀孕概率较低但非零，建议女性关注自身月经周期规律性。如果月经周期经常提前或推迟超过7天，或存在排卵障碍等内分泌问题，应就医检查性激素六项和妇科超声，明确排卵情况。日常可通过基础体温测量或排卵试纸监测排卵时间，更准确判断安全期。同房后若出现月经推迟超过7天，应及时使用早孕试纸检测或到医院抽血查人绒毛膜促性腺激素。无论是否处于安全期，坚持使用避孕套不仅能有效避孕，还能预防性传播疾病，保护生殖健康。