衣原体感染后在细胞内繁殖，抑制感染细胞的代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫反应。
泌尿生殖道感染衣原体后，引起的疾病男性为非淋菌性尿道炎，表现为尿道刺痒、烧灼感和排尿困难，少数有尿频。女性主要为非淋菌性泌尿生殖道炎，引起宫颈炎、盆腔炎、卵巢周围粘连、输卵管通而不畅、梗阻，导致不孕。
治疗方法:
抗生素治疗：大环内酯类、四环素类、多西环素类均可，如克拉霉素缓释片0.5g×36片，每日一片，口服，夫妻双方同时治疗，治疗期间要行工具避孕，避免交叉感染，还可以同时加用外洗的药物，以增强疗效。
反复感染较为顽固的支衣原体也可以加用中医中药辩证治疗。
孕妇感染支衣原体后，上行感染可引起流产、早产、胎儿宫内发育迟缓、低体重儿、胎膜早破、胚胎停育、胎儿畸形等不良后果。故备孕期及孕早期可以检查一下支衣原体，以免引起上述不良后果的产生。