全身检查包括身高、体重、血压的测定，以及对男性第二性征的观察，如体型、毛发分布(重点为胡须、腋毛、阴毛)、有无乳房女性化、有无嗅觉异常。还要进行各系统的检查，注意发现有无内分泌、循环系统、呼吸系统、消化系统、神经系统的异常。凡对生育有可能产生影响的病症均应予以重视。
局部检查主要是对生殖器官的检查。一般患者直立或平卧，医生检查有无生殖器官的异常，包括阴囊是否正常，睾丸的大小、位置和形态，附睾及输精管有无结节或缺如，有无精索静脉曲张，有无鞘膜积液等。必要时应做肛门指诊检查前列腺、精囊。还应检查阴茎有无畸形、包茎、硬结，尿道外口有无异常等等。
通过以上检查，可以发现一些疾病的线索，以便进一步做实验室检查。
阴茎、睾丸大小程度是否影响男性生育？
只要阴茎发育正常，能正常勃起，就能过好性生活，不影响男性生育力。有人总是怀疑自己的阴茎小，其实勃起后的大小是正常的。还有人担心自己的阴茎粗，其实女性阴道的伸缩性很大，完全可以容纳。
需要重视的是睾丸的大小和质地。从出生到12岁青春期之前，睾丸处于相对静止期，一般体积为1～4毫升左右；之后睾丸体积迅速增大，成年男性的睾丸体积为16～25毫升，平均19.8毫升；60岁以后睾丸体积逐渐缩小。凡育龄男性睾丸体积小于15毫升，则显示睾丸的曲细精管生精上皮有损害。通常体积不超过3毫升的小睾丸多见于克氏综合征；睾丸大小在5～12毫升的病人可见于低促性腺激素型性腺功能低下症；睾丸不对称增大明显时提示有睾丸肿瘤；睾丸对称性增大，可称为巨睾症，属于正常，但较少见。睾丸的质地亦应重视。正常睾丸轻压时有弹性，如轻压时感觉睾丸质软，则常伴有生精功能损害，可影响男性生育力，应及时就诊。