莲子桂圆汤一般适合体质虚寒者饮用，但阴虚火旺、糖尿病患者及孕妇需谨慎。莲子桂圆汤的禁忌主要有消化不良、湿热体质、感冒发热、血糖控制不佳、过敏体质等。
莲子富含淀粉，桂圆含糖量较高，两者均需胃肠充分消化。胃肠功能较弱者饮用后可能出现腹胀、嗳气等症状。建议消化能力差的人群减少食用量，或搭配陈皮等理气食材一同炖煮。
桂圆性温味甘，莲子虽性平但配伍后整体偏温补。湿热体质者表现为口苦黏腻、舌苔黄厚时饮用，可能加重体内湿滞热蕴。此类人群可改用薏米赤小豆等利湿食材替代。
外感热病期间身体处于邪热亢盛状态，温补类汤饮可能助长病邪。出现咽喉肿痛、鼻塞黄涕等风热症状时，应暂停饮用莲子桂圆汤，待痊愈后再酌情食用。
桂圆干含糖量超过60%，与莲子同煮后汤品升糖指数较高。糖尿病患者饮用后易引起血糖波动，需严格控制摄入量，建议用新鲜桂圆替代桂圆干并减少炖煮时间。
个别体质特殊者可能对桂圆或莲子中的蛋白质成分过敏，表现为皮肤瘙痒、嘴唇肿胀等。首次食用者建议少量试饮，出现过敏反应应立即停止并就医。
健康人群饮用莲子桂圆汤建议每周不超过3次，每次1小碗为宜。炖煮时可添加百合、银耳等滋阴食材平衡温性，避免长期单一饮用。经期女性如无血瘀症状可适量饮用，但经量过多者应暂停。饮用后出现口干舌燥等上火表现时，可搭配菊花茶或梨汁缓解。储存时需密封冷藏避免变质，隔夜汤品应重新煮沸后食用。