鸡鸭身上可能携带寄生虫，常见的有蛔虫、绦虫、球虫、住白细胞原虫和隐孢子虫等。寄生虫感染通常与饲养环境、卫生条件及宿主免疫力密切相关。
禽蛔虫是鸡鸭常见的肠道寄生虫，成虫寄生在小肠内，可能导致消瘦、产蛋率下降。感染途径为摄食被虫卵污染的饲料或饮水，虫卵在潮湿环境中可存活数月。预防需定期驱虫，常用药物包括阿苯达唑、左旋咪唑等，饲养环境需保持干燥并定期消毒。
禽绦虫通过中间宿主如蚂蚁、甲虫传播，成虫吸附在肠道黏膜上，引发腹泻、贫血等症状。散养家禽更易感染，防治需切断传播链，清除养殖场内的中间宿主，吡喹酮是常用驱绦虫药物。感染禽类的粪便中可见白色节片是典型特征。
艾美耳球虫主要侵害雏禽肠道，引起血便、食欲废绝，严重时可致死亡。卵囊在外界抵抗力强，潮湿垫料易造成传播。预防需采用轮换用药策略，地克珠利、磺胺类药物效果显著，同时需保持禽舍通风干燥，避免密度过高。
卡氏住白细胞虫通过蚊虫叮咬传播，寄生在红细胞内导致高热、绿便，剖检可见肌肉出血。夏秋季节多发，防控重点在于灭蚊和药物预防，乙胺嘧啶配合磺胺类药物有治疗效果。该病具有明显季节性，温带地区需提前做好防虫措施。
禽隐孢子虫可感染呼吸道和消化道，造成咳嗽、腹泻，对幼禽危害较大。虫卵通过粪便污染传播，常规消毒剂难以杀灭。目前尚无特效药，增强免疫力是关键，可使用黄芪多糖等免疫增强剂，严格实行全进全出制能有效控制传播。
预防禽类寄生虫需建立综合防控体系：定期检测粪便虫卵，不同生长阶段实施针对性驱虫程序；保持禽舍清洁干燥，粪便及时清理发酵处理；饲料中添加大蒜素、益生菌等天然抗寄生虫成分；散养禽类需控制活动范围，避免接触中间宿主；新引进禽群需隔离观察并驱虫后再混群。食用禽肉时充分加热至75℃以上可杀灭可能存在的寄生虫，处理生禽后需彻底清洁双手和厨具。