诱发生殖器感染
包皮过长虽不会影响排尿，但却能藏污纳垢，特别是其表皮能分泌一种白色分泌物，可长期慢性刺激生理器官，特别是冠状沟部，易引起冠状沟炎等。其表皮腔内的细菌上行感染，包茎造成的危害还会引起膀胱炎和前列腺炎。
导致生理器癌变
生理器官外表皮炎症反复刺激是男性生理器官癌变的主要原因。临床资料显示，生理器官外表皮过长，特别是生理器官不能外露者，生理器官癌变的几率也相对较高。因此癌变也是包茎造成的危害要注意的一点。
阻碍生殖器发育
包茎造成的危害还包括对于正在成长中的男性，生理器官不能外露或外表皮过长会阻碍生理器官的正常发育，甚至会造成生理器官短小或发育异常，不但影响男性自尊及自信，也影响日后二人亲密生活质量。
造成男性不育
包茎可引起包皮炎，细菌上行引发前列腺炎，会降低精子活力和精液粘度，前列腺在炎症状况下产生的前列腺液质量会发生改变，导致酸性物质增加，无法给精子提供营养，严重时包茎造成的危害会导致男性不育状况的发生。
包茎虽然是正常现象，在小孩时期包茎对自身是影响不大的，但是到男子成年后若是还是包茎状态，那么对自身生殖器官的发育就非常影响了，所以若是患有包茎的话需要做包皮环切手术解决。