前列腺体表面有一层脂质包膜，细菌性前列腺炎因细菌引起炎症刺激，前列腺腺体包膜增厚，许多药括抗生素很难弥散到腺体内发挥治疗作用，因而腺体内达不到有效的抑菌，难以抑杀致病微生物，治疗上比较困难，治愈停药后常易再，故疗效较差。此外，前列腺炎并非皆为细菌感染所致，用抗生素治疗也不一定都有效。
在选择抗生素方面，早在20世纪80年代初国外医生就介绍，进入前列腺液中的抗生素可分为高水平、中等水平和低水平，其中高水平组内有三甲氧苄嘧啶、氯林霉素、红霉素等药；中等水平组内有氯霉素、林可霉素等药；其他为低水平的抗生素。20多年过去了，对选择药物进人前列腺又有了新的标准和原则。
一般来说，药物要能穿透前列腺上皮包膜而形成前列腺内有效治疗浓度者，需要遵循一些选择和应用原则。
1.具有良好的脂溶性
碱性药物要能够渗透进前列腺被膜及前列腺上皮，在腺泡内达到有效治疗浓度。这类抗生素如米诺环素。
2.和血浆蛋白结合率低的抗菌药物
因为与血浆蛋白结合的药物暂无生物学效应，不能发挥应用的抗菌作用，只有游离型的药物进入到靶器官，如前列腺才能发挥作用。
3.敏感性好的药物
药物要求对细菌有较高的敏感性。
4.选用抗菌活性好的药物
对取出的前列腺液进行细菌培养或选用其他检查方法，鉴定出病原体，同时应做细菌药物敏感试验，这对选用抗菌活性好的药物和防止滥用抗生素有一定的指导作用。在给予抗菌药物时应选择既对典型病原体又对非典型病原体均有作用的抗生素，尽量选择具有广谱抗菌活性的药，同时结合考虑慢性前列腺炎细菌生长速率低，有些抗生素，例如内酰胺酶只对繁殖速度快，处在繁殖期的细菌有效，而对静止状的细菌无多大作用。当然也应该看到实验室高敏的抗生素在临床上不一定能取得预期的效果，故应以临床疗效作为评判标准而作适时的调整。
5.考虑前列腺组织中抗菌药物的水平
近年来，许多人选择喹诺酮类抗菌药物，这类药物是一种酸碱兼性的药物，具有脂溶性和弱碱性，在血浆中呈非离子型，在前列腺液酸性环境中呈离子型，对前列腺有极好的渗透能力及较好的生物利用度，口服及肠外给药具有同等的效果，对典型病原体和非典型病原体均有作用，用药较安全。
6.联合用药
两种以上并有增效作用的药物联合使用，使病原体不致很快产生耐药性。
7.部分药物大剂量长期使用
为使部分药物在前列腺间质中达到有效浓度并防治尿道感染的发生，应提倡超大剂量和超时限（4～12周）的用药法。