慢性前列腺炎根据病史、症状、直肠指诊、前列腺液检查等一般诊断并不困难，但对症状复杂、体征不典型者应与下列疾病相鉴别。
1、前列腺脓肿
大多数为急性细菌性前列腺炎的并发症，多发生在50～60岁，半数病人有急性尿潴留，尿频，排尿困难，直肠不适，尿道流脓，有的伴有附睾炎。直肠指诊前列腺病侧增大，触之软，有波动感。偶尔前列腺脓肿可自然向尿道破溃，也可向直肠破溃，被误认为直肠周围脓肿。
2、前列腺痛
这些患者表现为持续的尿频、尿痛、排尿困难，会阴、下腹、腰骶等部位疼痛不适，久坐、骑车后加重。直肠指诊检查两侧肛提肌压痛明显，前列腺触诊正常而无压痛。以往此症被称为梨状肌肛提肌症候群，前列腺液镜检正常，细菌培养无生长。
3、前列腺结核
症状与慢性前列腺炎相似，但常有泌尿系结核或其他部位结核病灶的病史，直肠指诊检查前列腺呈不规则结节状，附睾肿大变硬，输精管有串珠状硬结，前列腺液结核杆菌直接涂片或PCR检测有结核菌。