不少患有生殖器疱疹的患者不好意思去医院治疗，自己盲目的吃药治疗，最后不但没有什么效果，还导致病情加重。所以正确的治疗对控制疾病是很关键的。其实，当出现疾病的时候，讳疾忌医是最不可取的，去医院治疗才是根本。
1、局部疗法
原则为干燥，收敛，保护患部，防止继发感染，可外涂2%龙胆紫溶液，或选用10%次没食子酸铋代马妥dermatol，氧化锌油膏或泥膏，紫草生地榆油膏，0.5%新霉素软膏，或0.25%~0.1%疱疹净IDU软膏，5%疱疹净二甲基亚砜溶液用于皮肤疱疹等，对颜面部者亦可用10%醋酸铝或锌铜合剂。
2、全身治疗
治疗原则其一使感染的HSV不能活化，甚至消灭病毒;其二调节免疫，防止再发，可用阿昔洛韦静滴或口服，丽珠威口服，干扰素肌注，白细胞介素Ⅱ肌注，我们在治疗复发性生殖器疱疹时，使用四医大生物技术中心产的干扰素300万单位肌注，每日一次，10次为一疗程，共三个疗程，适当配合使用白细胞介素Ⅱ或利百多或灵杆菌素，95%的病人不复发。
3、病原疗法
1阿昔洛韦无环鸟苷：可选择性地抑制病毒复制，减少新损害的发生，减轻疼痛，缩短创面愈合及排毒时间.近年来，伐昔洛韦万乃洛韦，泛昔洛韦famciclorvir等阿昔洛韦ACV的衍生物也用于本病的治疗。
2膦甲酸钠：对有TK基因缺陷的耐ACV病毒感染者，可用膦甲酸钠40mg/kg，静注，每8小时1次，至痊愈。
3利巴韦林三氮唑核苷：口服或肌注，连用5～7天。
4α，β及γ-干扰素α，β，γ-IFN：100万u/d，共5～7天。
5聚肌胞2～4ml，肌注，隔天1次，连用5～7天。
6阿糖胞苷等也可用。
4、免疫疗法
Straus等采用gD-2疫苗接种，即重组HSV-2在CHO细胞表达的糖蛋白D，诱导的抗原特异性中和抗体相当于或超过GH患者产生的水平，100µg/次，2个月后重复1次，与对照组相比，复发次数明显减少，对减轻症状和预防感染也有效。
5、局部疗法
应注意保护创面，保持清洁，干燥，防止继发细菌感染，5%阿昔洛韦ACV软膏或乳剂，α或β干扰素乳剂或凝胶，1%甲紫龙胆紫溶液，3%四环素软膏或25%氧化锌油剂等均可使用。
6、对症疗法
如继发细菌感染，应酌用抗生素，若疼痛剧烈时可予以止痛剂。
7、性伴侣的处理
由于大多数性伴侣可能已经感染HSV，因此他们也应接受检查，必要时予以治疗。
8、中医疗法
1湿热下注型：
治法：清热利湿，兼以解毒。
方药：龙胆泻肝汤加减
2肝肾亏损型：
治法：清热化湿，养肝滋肾。
方药：知柏地黄丸合萆薢渗湿汤加减。
专家建议，要想治愈疾病，患者首先就要树立治愈的信心，然后积极配合医生治疗，严格按照要求用药，这样才能更快的治愈，患者如果有什么不舒服一定要到医院检查就诊，因为疾病不会因为您的拖延而好的，但是肯定会因为不及时治疗而加重，所以及时就医，早检查，早治疗是最好的。