在日常生活中，可能引起生殖系统损伤的问题有很多。其中，男女各自要担心的问题也不一样。
男性篇
先天“脆弱”：身体健壮、肌肉发达的男性，其实并不像我们想象得那么坚强，很可能存在先天隐患，尤其是生殖系统的先天发育问题。如阴茎发育不良(隐匿阴茎、异位阴茎等)、尿道先天性发育异常(尿道上裂、尿道下裂、先天性尿道憩室、狭窄等)、睾丸发育不良(无睾、隐睾、异位睾丸等)和其他发育异常(包括输精管道、精囊发育、前列腺等)。
睾丸需要“空调房”：人体给睾丸兄弟安排了一个特殊的公寓——阴囊。阴囊内温度比腹腔、皮肤的温度要低2摄氏度，而且一般都是恒温状态。太热了，睾丸内的生精细胞就会死亡，长年处于高温环境下，睾丸组织还会发生癌变。但现代生活习惯常常让恒温公寓“升温”，如泡热水澡、长途驾驶、久坐等，都在损害睾丸健康。
“乐极易生悲”：在性爱中过分威猛和投入，男性很容易弄伤自己。常见的损伤包括包皮撕裂、系带断裂和海绵体断裂等。这些“小插曲”不但叫停了激情的性爱，还会造成生殖器肿胀淤血、排尿困难，甚至导致阴茎弯曲变形、出现勃起功能障碍。这些突发事件多半发生在过分兴奋、采取不当性姿势时，也有部分是因为包皮过长、包茎。在初次或早期性生活中，男性由于缺乏性经验或未充分热身，也易造成这样的惨剧。
女性篇
三口相邻，易感染：和男性相比，女性的生殖器官特别“害羞”，它们大多隐藏在身体内部，因此也有着特殊问题。如女性的阴道口有尿道口和肛门口两个邻居，尿液、粪便的刺激使细菌更易侵入，从而患上外阴炎和阴道炎。其次，由于女性内生殖器、腹腔与外界是相通的，细菌能取道阴道，“侵袭”子宫。
洗液“洗”不干净：不少女人爱用女性洗液，结果是越洗越不舒服。女性私处平时处于弱酸环境，不当清洗就会破坏平衡，造成阴部干涩、瘙痒，甚至诱发妇科炎症。
容易“内伤”：性生活中，女性往往伤得最“深”。性生活过频、过猛，会造成阴道摩擦伤。此外，女性要到性发育成熟后，阴道黏膜才会转变为更耐摩擦的鳞状上皮，所以过早的性行为也会造成阴道内摩擦伤。
此外，男女共同担心的问题主要是外伤。如男性的阴茎、睾丸等暴露于体外，加上又爱运动，受到暴力击打的情况更常见。睾丸、阴囊受到撞击，易出现血肿，处理不当就可能导致睾丸萎缩和不育。
女性性器官外伤一般发生在处女膜、外阴和阴道。外阴负伤容易发生在跨越栏杆或坐椅时。外阴供血丰富，皮下组织疏松，受伤后可迅速扩大形成血肿，压迫尿道，引起尿潴留。